Kết quả kiểm tra nước sông Đồng Nai đoạn hợp lưu sông Sài Gòn tháng 7/2010 của Cty Cấp nước TP.HCM cho thấy chất lượng nước đang bị ô nhiễm nặng, các chỉ số về hóa, vi sinh đều vượt tiêu chuẩn cho phép, chất Amoni vượt tiêu chuẩn 28 lần, nồng độ COD vượt 1,2 – 1,4 lần, mangan, DO, vượt 1,5 – 5 lần, chỉ số vi sinh vượt 2 – 4 lần. Đáng báo động là tình trạng nhiễm mặn ở cả sông Đồng Nai và sông Sài Gòn lên đến 350 – 400 ml, vượt quá khả năng xử lí của nhà máy nước. Nguyên nhân gây ô nhiễm hiện nay là do các KCX - KCN, các trang trại chăn nuôi nằm đầu nguồn và sát hai bên bờ sông xả thải trực tiếp ra sông.
Ông Nguyễn Văn Phước, Phó Giám đốc Sở TN&MT TP.HCM cho biết: Sở sẽ tiến hành thống kê các nguồn nước thải chính gây ô nhiễm nguồn nước sông Đồng Nai, Sài Gòn, tiến hành kiểm tra, xử lý các đơn vị gây ô nhiễm môi trường. Đồng thời Sở sẽ tiến hành xây dựng thêm các trạm quan trắc chất lượng nước tự động và bán tự động dọc hai bên bờ sông.